Kjemi

Molekylær modellering

Molekylær modellering


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Molekylær mekanikk (kraftfelt eller kraftfeltberegninger)

Store molekyler og molekylkomplekser kan ikke undersøkes med de ekstremt komplekse kvantemekaniske beregningsmetodene. Her brukes derfor modelleringsmetoder, som er basert på forenklede antakelser og neglisjerer bevegelsen av elektronene til et molekyl.

definisjon
I molekylær mekanikk er atomer i et molekyl representert av deformerbare kuler som er forbundet med hverandre av fjærkrefter. Ulike van der Waals-radier er tilordnet atomene, akkurat som visse typer bindinger er definert av bindingslengde og bindingsstyrke (kraftkonstant), binding og torsjonsvinkel i molekylet. Dette gjør det mulig å uttale seg om geometrien og den relative energien til et stoff.

I denne sammenhengen definerer kraftfeltet en gruppe parametere som er nødvendige for denne energifunksjonen. Det enkleste tilfellet av et kraftfelt beskriver summen av alle intra- og intermolekylære krefter i et molekyl. Med utgangspunkt i referanseverdier legges alle avvik fra bindingslengder og -vinkler, fra rotasjonsvinkler og fra interaksjoner av ikke-kovalent bundne atomer i molekylet. Når det gjelder ikke-kovalente interaksjoner (ikke-bindende interaksjoner) inkluderer van der Waals-interaksjonene, som kan være attraktive (London-spredningskrefter) eller frastøtende (i nærområdet, siden atomer ikke kan overlappe), og Coulomb-interaksjonene som virker mellom alle ladede partikler (inkludert dipoler).

E = E (bindingslengde) + E(Bindingsvinkel) + E (Vridning) + E(ikke-kovalent)

I tillegg til disse fire grunnleggende komponentene i et kraftfelt, legges andre parametere til i mer kompliserte systemer.

Kraftfeltparametrene i seg selv er et resultat av kvantekjemiske beregninger og empiriske data (f.eks. fra termodynamiske målinger eller krystallstrukturer). For biomolekyler brukes ofte kraftfeltene AMBER og CHARMM, som er spesielt egnet for å beskrive amino- og nukleinsyrer.

For hvilke bruksområder er denne metoden uegnet?

Alle kjemiske bindinger er beskrevet fra et klassisk mekanisk synspunkt, dvs. elektroner er ikke tatt med i denne modellen og kun posisjonen til atomkjernen er relevant for representasjonen. Delokaliserte bindinger, ioniseringspotensialer, elektronaffiniteter eller eksiterte tilstander kan ikke beregnes mer enn dynamiske prosesser, f.eks. B. dannelse eller oppløsning av bindinger i molekylet. Dette er en svært sterkt parameterisert og statisk metode for å beskrive et molekyl.


Video: KIMIA. Tutorial Kingdraw Membuat Pemodelan Molekul (Juli 2022).


Kommentarer:

  1. Edwy

    In my opinion this is a very interesting topic. I invite everyone to take an active part in the discussion.

  2. Rainor

    hva er Windows95 multitasking? – Den er buggy og fungerer samtidig. Den gode sykdommen er sklerose: Ingenting gjør vondt, og hver dag er nyheter. Takk i sengen. Folk drømmer om erogene steder av en grunn! Hvis du inviterte en jente til å danse, og hun var enig ... Ikke vær glad: i begynnelsen må du fortsatt danse. Jo mer et medlem av Komsomol drikker, jo mindre vil mobberen drikke! Menneskene er ikke en luksus, men et middel til berikelse. Myndighetene. Fra reglene for god form: ".. Når de gir en blowjob, klikker de ikke med tenner .." Kan et medlem kalles en INPUT / OUTPUT-enhet?

  3. Gregor

    the Incomparable phrase, I like very much :)

  4. Flynn

    Rather excellent idea

  5. Groot

    What a phrase ...



Skrive en melding